بدأت نيابة أمن الدولة العليا تحقيقاتها مع الضباط الناجون من حادثة الواحات البحرية الإرهابية، وذلك بتوجيهات من النائب العام المستشار نبيل صادق، بهدف الوصول إلى كافة المعلومات التي تساعد في معرفة الحقائق كاملة حول تلك الحادثة، التي هزت الرأي العام المصري وعم بسببها الحزن والأسى في ربوع مصر.
ومن خلال التحقيقات أكد هؤلاء الضباط أنه ورد إلى الداخلية معلومات بتواجد خلية إرهابية متنقلة، يتم تمويلها من مؤسسات دولية أجنبية، تهدف إلى استباحة دماء المسيحيين وإثارة الفوضى والذعر في المجتمع المصري، وكذلك الإعداد لإغتيال مجموعة من القيادات السياسية في الدولة.
هذا وأكد الضباط على تفاصيل أخرى لم تكشف عنها المصادر للحفاظ على سرية التحقيقات، هذا وقد أرسلت النيابة إلى الطب الشرعي لإستعجال التقرير الخاص بالصفة التشريحية للشهداء وكذلك تقارير المعمل الجنائي.