برغم تولي الدكتور أحمد حسني رئاسة جامعة الأزهر منذ ثلاثة أشهر فقط، إلا أن الشيخ أحمد الطيب قرر اليوم إقالته من منصبه وبشكل مفاجئ، وتكليف الدكتور محمد حسين المحرصاوي، عميد كلية اللغة العربية بالقاهرة، بالمنصب مؤقتاً لحين تعيين رئيس جديد للجامعة، وفقاً لما يقره القانون والإجراءات المتبعة في ذلك الشأن.
وجاء ذلك القرار بعد ساعات من الجدل الذي أثاره الدكتور أحمد حسني، بعد اتهامه لإسلام البحيري بالردة ثم اعتذاره بعد ذلك عن هذا، وتبريره للموقف بأن السؤال الذي سأله له المذيع كان عن إنكار صحيحي البخاري ومسلم، ولم يقصد في إجابته شخص معين.
كما أنه رفض تكفير المنتمين إلى داعش، وأكد أن مبدأ الأزهر هو عدم تكفير أي شخص ما دام يشهد أن لا إله إلا الله وأن محمداً رسول الله.