بعد أن زجت الحكومة المصرية بدولة قطر، في أحداث تفجير الكنيسة البطرسية وقولها أن لديها وثائق ومستندات تؤكد تورط قطر، وأن تدريب الإرهابين وتمويلهم بدعم الحكومة القطرية، الأمر الذي دفع مجلس التعاون الخليجي يصدر بيانا، يؤكد فيه استنكاره لتصريح الداخلية المصرية ويطالب فيه بضرورة تحري الدقة والموضوعية؛ لأن التصريح بدون وعي على حد قوله يضر بالعلاقات المصرية الخليجية.
وفي خطوة تصعيدية أخرى، نجد بن راشد آل خاطر وكيل وزارة الاقتصاد والتجارة القطري، يصرح بأن قطر لم ولن تستقدم أي عمالة مصرية إلى أراضيها بأي نوع من التأشيرات، وأن بلاده قد تحملت كثيرا أذى الحكومة المصرية لمجرد أنها دعمت الديمقراطية في مصر ورفضت الإنقلاب عليها على حد قوله.
جدير بالذكر، أن العلاقات المصرية القطرية توترت، منذ أن قام الجيش المصري بعزل الرئيس محمد مرسي وتولي رئيس المحكمة الدستورية إدارة شئون البلاد ثم تولي وزير الدفاع الرئيس السيسي حكم مصر.