وضعت هيئة قضايا الدولة منازعة تنفيذ أمام المحكمة الدستورية العليا كما قدمت هيئة قضايا الدولة إشكالاَ أيضاً أمام القضاء الإداري ، الذي يقرر فيه بطلان الحكم الصادر من الدائرة الأولى والذي وقعة ممثل الحكومة على ما هو تقرر من اتفاقية ترسيم الحدود البحرية بين المملكة العربية السعودية وجمهورية مصر العربية في التنازل عن جزيرتي صنافير وتيران للمملكة العربية السعودية.
حيث أكدت هيئة قضايا الدولة أنة من خلال تلك الإشكالات المقدمة والمنازعات يتم وقف الحكم الإداري بتسليم الجزيرتين لحين الانتهاء في الفصل بين تلك المنازعات من خلال المحكمة الدستورية العليا.
أظهرت هيئة قضايا الدولة في المنازعات المقدمة للمحكمة الدستورية على وجود أخطاء في الحكم الصادر من القضاء الإداري كما أكدت الهيئة على عدم التزام القضاء الإداري بأحكام المحكمة الدستورية العليا برقم 37 لسنة 38 ق والتي تمت بمناسبته إشكالاً في تنفيذ ذلك أمام محكمة القضاء الإداري برقم 68737 لسنة 70 ق والذي يسمح للقضاء باستمرار الأثر الواقف لهذا الإشكال لحين حل المنازعات من قبل المحكمة الدستورية العليا.
كما أوضحت هيئة قضايا الدولة على أن اتفاقية ترسيم الحدود البحرية بين الدولتين من أعمال السيادة حيث كان تلك النقطة من أسانيد الدفاع والأدلة والمستندات المقدمة من هيئة قضايا الدولة، وعلى صعيد أخر أكدت هيئة قضايا الدولة على عدم صحة ما تردد على من حكم القضاء الإداري على أن الاتفاقية تضمنت تنازلاً كاملاً عن جزيرتي صنافير وتيران والتي تم أثبات فيها على أن الجزيرتين سعوديتين وقد تم الاتفاق عام 1990 بتسليم الجزيرتين للمملكة العربية السعودية حيث تم أرجاء التنفيذ لحين استقرار الأوضاع بالمنطقة .