بعد ثورة 30 يونيو وابتداء حكم العسكر في مصر , تعددت المشاكل والاختلافات بين مصر وتركيا وذلك لان رئيس دولة تركيا من مؤيدين الدكتور مرسي وايضا من مؤيدين الشرعية للبلاد. ولكن هذا التأيد كان ضد رغبة السلطات المصرية من خارجية وداخلية وحكم العسكر عامة . لذلك قاموا بقطع العلاقات مع دولة تركيا لتأيدها للاخوان كما ان تركيا غضبت غضب شديد عندما تم فض اعتصامي رابعة العدوية وايضا اعتصام نهضة مصر. ومن فترة سحبت مصر سفيرها من تركيا واليوم قررت الخارجية والسلطات المصرية بطرد السفير التركي من عمله داخل مصر وذلك لانه شخص غير مرغوب فيه داخل القاهرة.
كما ان وزارة الخارجية قدمت بيان صحفي بان اتخاذ قرار طرد السفير من الاراضي المصرية جاء اليوم السبت 23 /11/2013 بعد تصريحات رئيس دولة تركيا يوم الخميس السابق عن انتقاداته الشديدة للسلطات المصرية وحكم العسكر.
وبذلك تكون العلاقات بين دولة مصر وتركيا في تدهور شديد وملحوظ جدا وذلك لتأيد تركيا للدكتور محمد مرسي الرئيس المنتخب المعزول حاليا والمسجون في سجن برج العرب بالاسكندرية.