بعد أن تم تأجيل الدراسة إلى أجل غير مسمي بالمدارس اليابانية ، وتوزيع الطلاب الذين تم قبولهم على المدارس المحولين لها على مدارسهم الأصلية أو مايختارونه من مدارس يريدون الالتحاق بها ، انتشرت أخبار على المواقع الاخبارية ومواقع التواصل الاجتماعية بأن مشروع المدارس المصرية اليابانية لن يري النور مرة أخرى لأن هناك خلاف ما بين الجانبين المصري والياباني وأن الشريك الياباني قد انسحب تماماً من تنفيذ ذلك المشروع والذي هو عبارة نقلة نوعية في التعليم المصري ، حيث أن ما يميز التعليم الياباني هو أنه ليس تعليمياً فقط بل وسيلة لتعديل وتقويم سلوك الطلاب من خلال الانشطة التي يتم ممارستها داخل المدرسة.
إلا أن المتحدث الرسمي لوزارة التربية والتعليم أحمد خيري قد نفي في مداخلة هاتفيه له مع برنامج رأي العام المذاع على قناة Ten الفضائية ، أن المشروع قد توقف بسبب وجود خلافات مع الشريك الياباني ، حيث أكد أحمد خيري بأن تأجيل الدراسة في المدارس اليابانية ليس بسبب ذلك وإنما هناك توجيهات رئاسية بضرورة إعادة اختيار الطلاب والمعلمينمن جديد..
وأشار المتحدث الرسمي بأنه سوف يتم فتح الباب من جديد أمام أولياء الأمور للتقديم لابنائهم بالمدارس اليابانية ، بعد الانتهاء من كافة المدارس المخصصة لذلك المشروع ، وأن بنود قبول الطلاب والمعلمين بهذه النوعية من المدارس سوف يتم تغييرها ومن أهم تلك البنود التي سيتم تغييرها عو بند المصروفات وفقاً للتوجهيات الرئاسية بذلك.