وجه الشيخ سالم عبد الجليل رسالة قوية وهامة إلى البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، حول قرار البابا بوقف الأب مكاري يونان – كاهن الكنيسة المرقسية بكلوت بك، عن الوعظ، عقب أن قام بالرد على تصريحات الشيخ سالم ووجه إهانة للدين الإسلامي الحنيف.
حيث أنتقد الشيخ سالم قرار البابا، مشيرا إلى أنه لا يجوز معاقبة شخص على أفكاره ومعتقداته ما دامت أنها لا تشق الصف الوطني، مؤكد أن الاختلاف في الاعتقادات والأفكار والرؤى يعد أمر طبيعي كما أنه يعد سنة من سنن الله تعالى، فالاختلاف إرادة ربانية، مستشهدا بقول المولي عز وجل
{يَٰأَيُّهَا ٱلنَّاسُ إِنَّا خَلَقْنَٰكُم مِّن ذَكَرٍ وَأُنثَىٰ وَجَعَلْنَٰكُمْ شُعُوبًا وَقَبَائِلَ لِتَعَارَفُوا إِنَّ أَكْرَمَكُمْ عِندَ ٱللَّهِ أَتْقَاكُمْ إِنَّ ٱللَّهَ عَلِيمٌ خَبِيرٌ}.
كما أكد الشيخ سالم عبد الجليل، أن الذي يحرك الجماعات الإرهابية، التي انتشرت بشكل قوي، ليس فتوي شيخ أو رأي قس لكن المحرك الأساسي لها هو مصلحتها ومصالح من يدعمهم فقط، والجدير بالذكر أن وزارة الأوقاف قد أصدرت قرار بوقف الشيخ سالم عن الخطابة على خلفية تصريحاته بتكفير الأقباط.
والجدير بالذكر، أن الشيخ سالم عبد الجليل قد صرح في وقت سابق أن العقيدة المسحية عقيدة فاسدة وأن الأقباط كفار وسوف يدخلوا جهنم، وأثارت هذه التصريحات هجوم قوي من وسائل الإعلام.