بعد العمليات الخسيسة التي قام بها عناصر التنظيم لتفجير الكنائس، قامت الأجهزة الأمنية باتحقيق والبحث عن مخططي ومنفذي العمليات الإرهابية الأخيرة، وأسفرت التحقيقات عن إعتراف المتهمون باسم قائد خلايا تنظيم داعش لكن خارج مدن القناة وهو” عمرو سعد”، واعترف المتهمون بأنه تم حفر بئر للمياه في الصحراء ما بين قنا وسوهاج للتغطية على إستخدامهم للمتفجرات واستخدامهم للسلاح وبلغت تكلفته 200 ألف جنيه.
وامتلكت العناصر الإرهابية أحزمة ناسفة، ويوجد محاسب بإحدى شركات السيارات استقبل محمود شفيق الإرهابين وشخص آخر يتقن اللهجة السيناوية، وذلك قبل تفجير الكنيسة” البطرسية” بيومين، وقائد الخلية هو الذي اوصل الحزام الناسف إلى القاهرة لتنفيذ العملية.
وكشفت مصادر ل” اليوم السابع” عن تفاصيل مثيرة حول الاعترافات التي أدلى بها المتهمين بالتفجير واستهداف الكنائس الثلاثة” المرقسية بالإسكندرية، والبطرسية بالعباسية، ومارجرجس بطبطا” وقد أدلى بها المجرمون أمام الأحهزة الأمنية، وأشارت المصادرل” اليوم السابع”حسب التحقيقات أن المتهم عمرو سعد كلفه التنظيم بتكوين خلايا بمحافظات الصعيدن وتولى عمرو سعد التدريب بمحافظة قنا بعناصر تعرف عليهم باعتصام رابعة، وتعرفوا على استخدام الاحزمة الناسفة.
وتمكن عمرو سعد من تدريب واستقطاب عناصر منهم ممدوح امين بغدادي، وتاج الدين محمود محمد، وووليد ابو المجدن وقت العناصر بحفر بئر لإيهام من حولهم انهم يستصلحون أراضي ن وتمكنوا من التدريب وصنع الأحزمة الناسفة واستخدموها بالفعل في عمليات التفجيرات التي قاموا بها أثناء قيام الاخوة المسيحيين بالاحتفال بأعيادهم .