في ظل الأزمة المثارة مؤخراً بعد تفجيرات الكنيستين حول مسئولية الأزهر عنها، وذلك طبقاً لما يتبناه الاعلام المصري، وذلك لفشله في تجديد الخطاب الديني طبقاً لزعم مهاجمي الأزهر الشريف، وتأكيدهم أن مناهج الأزهر تحمل الكثير من النصوص التي تحرض على التكفير والكراهية على حد وصفهم.
وفي هذا الإطار قام البرادعي بنشر تغريديتين له أحدهما قام فيها بتهنئة الأقباط بأعيادهم الحالية، وتمنى من خلالها أن يرحم الله شهداء الوطن، ثم كانت التغريدة الثانية التي حدد فيها من وجهة نظره ثلاثة أشياء يجب القيام بهم، أولهم تنقية التراث على حد قوله ثم تجريم الخطاب الديني الذي يدعو للكراهية وعدم إقحام رجال الدين في السياسة.
وأشار البرادعي في بداية تغريدته أن قبول الآخر لن يأتي بالانكار، ولم يوضح البرادعي مقصده من تلك الجملة، إلا أنه اكد في نهاية تغريدته أن مصر واحدة للجميع.