اشتهر إسلام البحيري في الوسائل الإعلامية المرئية، بسبب اختصامه وتعارضه مع الأزهر وآرائه الدينية، خصوصاً بعد إرسال الأزهر بخطابات رسمية مطالبة بوقف برنامجه.
شهدت الأزهر خصاماً مع الشيخ على عبد الرازق قبل إسلام البحيري، حيث اتهمه الأزهر بالزندقة والكفر بعد تأليفه لكتاب نهى فيه بالأدلة عن وجود النظام الشرعي الإسلامي يدعى “كتاب الإسلام وأصول الحكم”، قرر الأزهر بعد هذا الكتاب سحب منه شهادة الأزهر وفصله منها تماماً.
ونشب أيضاً معركة مع الكاتب القدير “طه حسين” بعد تـأليفه كتاب “في الشعر الجاهلي”، الذي حرض فيه الناس على إعادة تفسير القرآن الكريم، بينما منعت الأزهر كتاب “الخلافة في الإسلام” للمستشار محمد عشماوي بعد معارك طويلة.
وأشار الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية الدكتور محي الدين عفيفي، أن الأزهر الشريف لا يتحرك ولا يتنازع في معركة ضد أحد إلا بعد تلوث أفكاره وعقيدته الدينية، خوفاً على الدين الإسلامي وعلى العقيدية الدينية والفكر الثقافي، وخوفاً على تأثر المواطنين منه ونشره لتلوثه الفكري والثقافي للشعب.
وقد أقام الأزهر معركته مع إسلام البحيري بعد استخدامه لطرق ملتوية ليأثر على المواطنين البسطاء والتحكم في أفكارهم، حيث يعد الحفاظ على الفكر الإسلامي ودين الله هو مسئولية الأزهر الشريف.
وأوضح عميد كلية العلوم الإسلامية الدكتور عبد المنعم فؤاد، أن الأزهر الشريف هو الدرع الحامي للدين الإسلامي والفكر والثقافة الإسلامية، حيث تحرك الأزهر قانونياً ضد إسلام البحيري بعد ثبوت خطره الشديد على البسطاء من الشعب، كما أكد فؤاد أن الأزهر لو ترك أصحاب التلوث الفكري لانهارت العقائد الفكرية وتراث الدين.