تعتبر زيارة رئيس الجمهورية عبد الفتاح السيسي لمقر الكاتدرائية بالعباسية لتهنئة الأخوة الاقباط بعيد الميلاد المجيد نقطة تحول في علاقة رؤساء مصر بالكنيسة، حيث شهدت علاقة الرؤساء بالكنيسة مراحل شد وجذب من حيث لأخر بالاضافة إلى نقاط تفاهم وخلاف في أحياناً كثيرة بل كان يصل في بعض الأحيان إلى معارك طاحنة وصدامات أنتهت بقيام الرئيس السادات بعزل البابا شنودة الثالث قبل اغتيال الرئيس السادات في أحداث المنصة فى عام 1981.
والمتتبع للعلاقة بين مؤسسة الرئاسة وبين الكنيسة القبطية في مصر يكتشف أن الزيارة التي قام بها الرئيس عبد الفتاح السيسي يوم الثلاثاء الماضي لتهنئة البابا والأخوة الأقباط بعيدهم هي بداية تأسيس لمرحلة جديدة من العلاقات بين الطرفين وهي مرحلة تتغلب فيها الانتماءات الوطنية على التعصب الديني والنعرة الطائفية وترسى أسس جديدة بين نسيجي مصري المسلمين والأقباط وتحشد هذين النسيجين في مواجهة أي أطراف أخري تحاول جاهدة لتمزيق هذه العلاقة بين أطراف المجتمع المصري.
والمتتبع لهذه العلاقة بين مؤسسة الرئاسة في عصور الرؤساء السابقين عبد الناصر والسادات ومبارك وعدلي منصور يتضح الآتي :-
جمال عبد الناصر والبابا كيرلس :- تجسدت فكرة بناء الكنيسة المصرية في عهد جمال عبد الناصر الذي رحب بفكرة إنشاء كاتدرائية كبرى تليق بوضع مصر وكنيستها التي يتبعها الملايين من المسيحين في الشرق وخصص لها 100 ألف جنيه للبناء حيث قام عبد الناصر بإلقاء خطاب للكنيسة وللشعب في ذكرى ثورة يولية في 24 يوليو 1965 وذلك في أثناء وضع حجر الأساس لهذه الكاتدرائية بحي العباسية وجاء في الخطاب كلمت ألهبت مشاعر المسيحين وأشعرتهم باحتضان الدولة لهم واعتبارهم جزء لا يتجزأ منها وقام بالتقاط الصور مع البابا كيرلس بابا الأقباط فى ذلك الوقت والإمبراطور هيلاسلاسي إمبراطور إثيوبيا الذي حضر الاحتفال بوضع حجز الأساس.
وارتبط عبد الناصر بالكنيسة بعلاقة قوية وتوطدت علاقات الصداقة بينه وبين البابا كيرلس ضمن من خلالها عبد الناصر ولاء الكنيسة ودعها له ومساندتها لقضايا مصر الخارجية وبصفة خاصة في موضوع مياه نهر النيل مع إثيوبيا.
وبعد رحيل عبد الناصر جاء الرئيس السادات وصعد لقة الكرسي البابوي البابا شنودة الثالث ومرت بينهم سنوات من الصراع حتى جاءت الزيارة الأولي والأخيرة للرئيس السادات إلى الكاتدرائية وألتقط مع شنوده صور تذكارية ظهر فيها شنودة يؤدي صلاته بالتزامن مع أداء الرئيس السادات ونائبة حسني مبارك وممدوح سالم رئيس الوزراء صلاة الظهر.
بعدها لم يزر السادات الكاتدرائية مرة أخري وبدأ الصراع يأخذ أبعاد كبيرة بين الرئيس السادات والبابا شنودة حيث قام الرئيس السادات بإصدار قرارات سبتمبر بإلغاء قرار تعيين شنودة الثالث بابا للأقباط وعزله من منصبه وتحديد إقامته في دير وادي النطرون ولم يتم الإفراج عنه إلا في عام 1984 في عهد الرئيس الأسبق حسني مبارك.
وقد تميزت العلاقة بين مؤسسة الرئاسة في عهد حسني مبارك والبابا شنودة الثالث بقدر كبير من التفاهم بين الكنيسة والدولة حيث صار البابا شنودة الثالث يلعب دور الوسيط بين الأقباط ومؤسسة الرئاسة وقد زار مبارك طوال فترة حكمه لمصر التى تقارب الثلاثين عاماً الكنيسة مرتين فقط الأولي في عام 2000أثناء تقديم التعازي في وفاة الفريق فؤاد عزيز غالي قائد الجيش الميداني في حرب أكتوبر والثانية في قداس جنازة المستشار حنا ناشد عضو المكتب السياسي للحزب الوطني الذي تم حله في أعقاب ثورة يناير عام 2011.
وبعد ثورة 25 يناير 2011 وتولي الرئيس محمد مرسي حكم مصر لمدة عام واحد فقط لم يقم فيها مرسي بأي زيارة للكنيسة قبل أن يتم عزله من قبل الجيش ليتولي بعده الحكم عدلي منصور الذي قام كأول رئيس للجمهورية وكان وقتها رئيس مؤقت بزيارة الكاتدرائية وتقديم التهاني للأقباط في عيدهم.
اولاد الزعيم عبد الناصر اتبرعوا بكل مدهراتهم لبناء الكاتدرائه كان البابا فى منزلهم وجابوا الحصالات وفتحوها فى حجرة