كشفت مصادر مطلعة بمجلس الوزراء المصري عن العلاقة بين رئيس الوزراء الأسبق الدكتور هشام قنديل وبين الرئيس عبد الفتاح السيسي حينما كان وزيراً للدفاع.
حيث قالت المصادر أن قنديل كان يحظى بحب وإحترام السيسي حينها بالإضافة لثقته، بسبب ما كان يراه المشير من تحمل للمسئولية من قبل قنديل وإحساس بالشعب خلال إجتماعات مجلس الوزراء برئاسته.
فكان قنديل يبلي بلاءاً حسناً ويحاول محاولات حقيقية للنهوض بالبلاد وكان ذلك ظاهراً في إجتماعاته وتوجيهاته للحكومة ولمس السيسي ذلك الشيئ بنفسه.
إلى أن الأمر تغير بعد 3يوليو 2013 حينما ألقى السيسي بيان عزل مرسي وأرسل مندوبا له لقنديل يخبره بأنه لن يحدث له شيء وأنه في مأمن عن الملاحقة الأمنية.
لكن قنديل ظهر بعد ذلك واصفاً ما حدث بالإنقلاب العسكري على رئيس منتخب، وجاءت كاترين آشتون منسقة السياسة الخارجية للاتحاد الأوروبي وإلتقته وبسؤاله عن ما يراه يحدث في البلاد فأجاب بأنه إنقلاب، الأمر الذي أغضب السيسي وأدى إلى إعادة فتح قضية قنديل والذي صدر ضده حكم بالحبس فيها لإتهامه بعدم تنفيذ حكم بطلان خصخصة شركة النيل لحليج الأقطان.
وعلى الرغم من أن الكثيرين من رؤساء الوزراء في مصر قد حصلوا على أحكام مماثلة ولم يتم تنفيذها إلى أن قنديل تم إحياء القضية الخاصة به، والإعتداء عليه بالضرب عند القبض عليه في إحدى محطات البنزين حيث ظهر معصوب العينين وعلى وجهه آثار للضرب والتعذيب.
الأمر الذي أوضحه قنديل بنفسه حين خرج من السجن مؤكداً أنه تلقى معاملة سيئة رغم كونه بريئاً نافيا في الوقت ذاته أن يكون قد حاول الهرب خارج البلاد، مؤكداً أنه قبض عليه أثناء وجوده في محطة بنزين ليملأ سيارته وليس أثناء توجهه للسودان كما أشاع البعض لأنه لم يكن ملاحقاً من الأساس.
ويكشف المصدر عن سر تأخر الإفراج عن هشام قنديل رغم صدور حكم ببرائته حيث أكد أن ذلك حدث بعد أن قررت السلطات فتح قضايا أخرى لقنديل تسمح لها بإعتقاله مجدداً ولو للتحقيق كنوع من العقاب مثل إتهامة بالتحريض على العنف أو الفساد المالي، لكن في النهاية تم الإستقرار على الإفراج عنه مع تحذيره من العمل في أي نشاط سياسي بعد ذلك.