أشاع الإعلام المصري منذ عدة أيام خبر لم يتم الإعلان عن مصدره، و هو قيام الحكومة السودانية بطرد قيادات الإخوان المسلمين المتواجدين على أرضها، و ذلك بناءاً على مطالب مصرية في اللقاء الذي جمع بين السيسي و عمر البشير في أثيوبيا، منذ فترة قصيرة لبحث أزمة سد النهضة.
و في إطار ذلك أكد وكيل وزارة الخارجية السودانية عبد الغني النعيم أن ذلك لم يحدث، و أن بلاده لا يتواجد فيها من الأساس قيادات للإخوان المسلمين مطلوبين لدى مصر، و إلا كانت الحكومة المصرية حددتهم بالإسم إلا أن ذلك لم يحدث و وصف تلك الأخبار بالعارية من الصحة.
أما عن علاقة البلدين في الفترة الأخيرة أكد النعيم أن الدولتين بكل تأكيد يهمهما أن تكون العلاقات جيدة بينهما، و أن هناك لجان مشتركة بين الدولتين تعمل على حل أي مشاكل أو أزمات بينهما، و عن موعد عودة السفير السوداني لمصر قال وكيل وزارة الخارجية السودانية أن ذلك سوف يتم إعلانه في وقته.
هذا و قد استدعت السودان سفيرها من مصر منذ فترة و ذلك على حد زعمها، بسبب الهجوم الإعلامي الغير مبرر من الإعلام المصري عليها إبان زيارة الرئيس التركي رجب طيب أردوغان، واصفة الأمر بأنه تدخل في سيادة دولة السودان التي من حقها استقبال من تشاء.